R install.packages возвращает "не удалось создать каталог блокировки"

Я получаю эту ошибку при загрузке пакета Rcpp:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs (as ‘lib is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp
...

Поскольку моя машина находится на кластере компьютеров, я пробовал ее на разных узлах, и я старался удалить временные файлы, загруженные в /tmp. Странно, что у меня есть права на запись в /home/me/src/Rlibs/. Поэтому мои вопросы:

  1. почему R хочет иметь права на запись в /home, в то время как ему нужны только права на запись в /home/me/?
  2. как я могу исправить ошибку?
> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Лучший способ избежать этого - использовать аргумент "-no-lock" в командной строке, например,

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

В файловых системах NFS иногда неясно, какие вещи вам нужно закрыть. Изнутри R вы можете сделать это из своей команды, используя:

install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))

Ответ 2

Это происходит, когда ваша последняя установка пакета прерывается ненормально. Чтобы исправить это, вы должны удалить заблокированный файл. Например, выполните эту команду в консоли R:

unlink("/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp", recursive = TRUE)

Надеюсь это поможет!