Программно создавая таблицы Markdown в R с KnitR

Я только начинаю узнавать о KnitR и использовании Markdown в создании R-документов и отчетов. Это выглядит идеально для многих повседневных сообщений о том, что я должен заниматься своей работой. Однако одна вещь, которую я не вижу, - это простой способ печати фреймов данных и таблиц с помощью форматирования Markdown (вроде как xtable, но с Markdown вместо LaTeX или HTML). Я знаю, что я могу просто вставлять вывод HTML из xtable, но мне было интересно, есть ли какие-либо решения на основе Markdown?

Ответ 1

Теперь knitr (начиная с версии 1.3) пакет включает функцию kable для таблиц создания:

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

ОБНОВЛЕНО: если вы получаете необработанную отметку в документе, попробуйте установить параметр results = "asis" chunk.

Ответ 2

Два пакета, которые будут делать это, pander

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Или ascii

pander - несколько иной подход к построению отчета (но может быть полезен для этой функции).

ascii позволит вам print с type = 'pandoc (или различными другими отличительными признаками)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Обратите внимание, что в обоих случаях он направлен на использование pandoc для преобразования из уценки в желаемый тип документа, однако использование style='rmarkdown' создаст таблицы, совместимые с этим пакетом markdown и встроенным преобразованием в rstudio.

Ответ 3

Просто хотел обновить это с помощью того, что я решил сделать. Я использую пакет hwriter прямо сейчас, чтобы распечатывать таблицы и использовать функции row.* и col.* для размещения классов CSS для разных элементов. Затем я написал собственный CSS, чтобы сделать свой дисплей так, как я этого хотел. Итак, вот пример, если кто-то имеет дело с чем-то подобным.

Сначала создайте файл, который будет делать knitting, и измените Markdown на HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Затем создайте файл Markdown:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite() row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Наконец, просто создайте пользовательский файл CSS.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

Выполнение ./file_knit.r дает мне файл file.html, который выглядит следующим образом:

Example Output

Итак, надеюсь, это может быть полезно для тех, кто хочет немного форматировать вывод Markdown!

Ответ 4

В пакете pander есть функции:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Ответ 5

Не очень сложно создать свою собственную настраиваемую функцию. Вот очень простое доказательство концепции для создания таблицы rmarkdown data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

В документе .Rmd вы должны использовать функцию с results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Приведенный выше код даст вам следующий рисунок (в примере это вывод в формате pdf, но поскольку таблица находится в markdwon, вы можете вязать и html или word).

enter image description here Отсюда - и чтение кода других людей - вы можете понять, как манипулировать текстом для создания нужной таблицы и создавать более персонализированные функции.

Ответ 6

используйте комбинацию knitr:: kable и xtable в вашем документе уценки.

library("knitr","xtable")

для простого data.frame -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" позволяет больше параметров, таких как подпись.

Теперь комбинация для резюме модели.

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

для еще большего количества вариантов смотрите stargazer вместо xtable.

пример для личного использования

Ответ 7

Чтобы написать/создать таблицы Markdown в R, вы также можете использовать MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() или MarkDown_Table_writer_NamedVector(). Вы просто передаете кадр/матрицу данных с именами размеров или вектором с именами, а также анализируете и выписываете таблицу в формате Markdown.