До NuGet общепринятой "лучшей практикой" была проверка всех внешних библиотек DLL, используемых в проекте. Обычно в каталоге Libs или 3rdParty.
При работе с NuGet я должен зарегистрировать каталог packages, или есть способ, чтобы MSBuild автоматически загружал необходимые пакеты из фида nuget?