Этот вопрос не имеет ничего общего с git; скорее, он связан с удалением привязки/сопоставления в репозиторий git, который ранее видел Visual Studio 2015 (VS2015).
Обратите внимание, что кнопка удаления недоступна (отключена). Как удалить эту запись из списка локальных git репозиториев?