Просто чтобы добавить сумасшедший подход, потому что я не хочу совершать свои изменения:
1. git add --update command //It added my all deleted files
2. git stash
3. git stash clear
Примечание: я не знаю, насколько это эффективный способ, но он решил мою проблему без фиксации. Также не забудьте зафиксировать ваши изменения при добавлении удаленных файлов.