Создание гистограммы плотности в ggplot2?

Я хочу создать следующий график плотности гистограммы с ggplot2. В "обычном" способе (базовые пакеты) очень просто:

set.seed(46)
vector <- rnorm(500)  
breaks <- quantile(vector,seq(0,1,by=0.1))
labels = 1:(length(breaks)-1)
den = density(vector)
hist(df$vector,
     breaks=breaks,
     col=rainbow(length(breaks)),
     probability=TRUE)
lines(den)

С ggplot я дошел до этого:

seg <- cut(vector,breaks,
           labels=labels,
           include.lowest = TRUE, right = TRUE)
df = data.frame(vector=vector,seg=seg)

ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                        y=..density..,
                        fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

Но масштаб "y" имеет неправильное измерение. Я отметил, что следующий пробег получает правильную шкалу "y".

 ggplot(df) + 
     geom_histogram(breaks=breaks,
                    aes(x=vector,
                    y=..density..,
                    fill=seg)) + 
     geom_density(aes(x=vector,
                      y=..density..))

Я просто этого не понимаю. y=..density.. есть, это должна быть высота. Так почему же мой масштаб изменяется, когда я пытаюсь его заполнить?

Мне нужны цвета. Я просто хочу гистограмму, где разрывы и цвета каждого блока настраиваются в соответствии с цветами заливки ggplot по умолчанию.

Ответ 1

Вручную добавьте цвета в ваши процентили. Посмотрите, работает ли это для вас.

library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x=vector)) +   
   geom_histogram(breaks=breaks,aes(y=..density..),colour="black",fill=c("red","orange","yellow","lightgreen","green","darkgreen","blue","darkblue","purple","pink")) + 
   geom_density(aes(y=..density..)) +
   scale_x_continuous(breaks=c(-3,-2,-1,0,1,2,3)) +
   ylab("Density") + xlab("df$vector") + ggtitle("Histogram of df$vector") +
   theme_bw() + theme(plot.title=element_text(size=20),
                      axis.title.y=element_text(size = 16, vjust=+0.2),
                      axis.title.x=element_text(size = 16, vjust=-0.2),
                      axis.text.y=element_text(size = 14),
                      axis.text.x=element_text(size = 14),
                      panel.grid.major = element_blank(),
                      panel.grid.minor = element_blank())

Ответ 2

fill=seg приводит к группировке. Фактически вы получаете другую гистограмму для каждого значения seg. Если вам не нужны цвета, вы можете использовать это:

ggplot(df) + 
  geom_histogram(breaks=breaks,aes(x=vector,y=..density..), position="identity") + 
  geom_density(aes(x=vector,y=..density..))

Если вам нужны цвета, может быть проще рассчитать значения плотности вне ggplot2.

Ответ 3

Путаница в интерпретации y-axis может быть вызвана плотностью, а не счетом. Таким образом, значения в y-axis являются пропорциями от общей выборки, где сумма столбцов равна 1.