Я использую gplot для создания тепловой карты, показывающей log2-кратные изменения групп лечения по сравнению с парным контролем. Со следующим кодом:
heatmap.2(as.matrix(SeqCountTable), col=redgreen(75),
density.info="none", trace="none", dendrogram=c("row"),
symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none")
Я вывожу тепловую карту с реальными значениями изменения смены (т.е. Не Row-Z score), что и есть то, что мне нужно, в цветовой схеме Red-Black-Green, которая является любителем всех биологов!
Фактический диапазон изменения log2-fold - -3/+ 7, со многими значениями в диапазонах -2 / - 1 и +1/+ 2, которые отображаются как темно-красный/зеленый (соответственно). Это делает всю тепловую карту довольно темной и такой трудной для интерпретации.
- Есть ли способ перекосить цветовой градиент, чтобы сделать его менее линейным? То есть, чтобы градиент от черного до довольно яркого происходил в меньшем диапазоне?
- И/или изменить диапазон цветов, чтобы быть асимметричным, т.е. Работать с -3/+ 7, как это делают данные, а не -7/+ 7 в масштабе в настоящее время, с черным, все еще центрированным на ноль?