Вам нужно добавить исходный репозиторий (тот, который вы раздвоили) в качестве удаленного.
git удаленный add github (клон-код для репозитория orignal)
Затем вам нужно внести изменения в локальный репозиторий
git fetch github
Теперь у вас будут все ветки исходного репозитория в вашем локальном. Например, главная ветвь будет github/master. С этими веткими вы можете делать все, что захотите. Объедините их в свои ветки и т.д.