Нажав на флажок и вызывая ng-click: модель не обновляется до того, как ng-click выйдет, поэтому значение флажка неверно представлено в пользовательском интерфейсе:
Это работает в AngularJS 1.0.7 и кажется сломанным в Angualar 1.2-RCx.
<div ng-app="myApp" ng-controller="Ctrl">
<li  ng-repeat="todo in todos">
  <input type='checkbox' ng-click='onCompleteTodo(todo)' ng-model="todo.done">
    {{todo.text}}
</li> 
<hr>
task: {{todoText}}
<hr><h2>Wrong value</h2>
     done: {{doneAfterClick}}
и контроллер:
angular.module('myApp', [])
  .controller('Ctrl', ['$scope', function($scope) {
    $scope.todos=[
        {'text': "get milk",
         'done': true
         },
        {'text': "get milk2",
         'done': false
         }
        ];
   $scope.onCompleteTodo = function(todo) {
    console.log("onCompleteTodo -done: " + todo.done + " : " + todo.text);
    $scope.doneAfterClick=todo.done;
    $scope.todoText = todo.text;
   };
}]);
Сломанная скрипка w/Angular 1.2 RCx - http://jsfiddle.net/supercobra/ekD3r/
Рабочее fidddle w/Angular 1.0.0 - http://jsfiddle.net/supercobra/8FQNw/