Ищете регулярную регулярную последовательность совпадений и заменяет (желательно PHP, но не имеет значения), чтобы изменить это (начало и конец - это просто случайный текст, который необходимо сохранить).
В:
fkdshfks khh fdsfsk 
<!--g1-->
<div class='codetop'>CODE: AutoIt</div>
<div class='geshimain'>
    <!--eg1-->
    <div class="autoit" style="font-family:monospace;">
        <span class="kw3">msgbox</span>
    </div>
    <!--gc2-->
    <!--bXNnYm94-->
    <!--egc2-->
    <!--g2-->
</div>
<!--eg2-->
fdsfdskh
к этому OUT:
fkdshfks khh fdsfsk 
<div class='codetop'>CODE: AutoIt</div>
<div class='geshimain'>
    <div class="autoit" style="font-family:monospace;">
        <span class="kw3">msgbox</span>
    </div>
</div>
fdsfdskh
Спасибо.
