Так как text() получает значение, а text( "someValue" ) устанавливает значение, вы просто помещаете его внутри другого.
Был бы эквивалент:
var newValue = $mylabel.text().replace('-', '');
$mylabel.text( newValue );
EDIT:
Надеюсь, я правильно понял вопрос. Я предполагаю, что $mylabel ссылается на элемент DOM в объекте jQuery, а строка находится в содержимом элемента.
Если строка находится в некоторой другой переменной, не являющейся частью DOM, тогда вы, вероятно, захотите вызвать функцию .replace() против этой переменной, прежде чем вставлять ее в DOM.
Вот так:
var someVariable = "-123456";
$mylabel.text( someVariable.replace('-', '') );