Вы можете войти в оболочку mongo и выполнить следующие операторы кода, чтобы сгенерировать операторы создания индексов. После этого используйте операторы для воссоздания индексов.
var collectionList = db.getCollectionNames();
for(var index in collectionList){
var collection = collectionList[index];
var cur = db.getCollection(collection).getIndexes();
if(cur.length == 1){
continue;
}
for(var index1 in cur){
var next = cur[index1];
if(next["name"] == '_id_'){
continue;
}
var unique=next["unique"]?true:false;
print("try{ db.getCollection(\""+collection+"\").createIndex("+JSON.stringify(next["key"])+",{unique:"+unique+"},{background:1})}catch(e){print(e)}");}}