Все еще нет boto3 API для этого. Но если ваш текущий экземпляр - система Linux, вы можете использовать следующий код python3, чтобы получить instance_id:
import subprocess
cmd='''set -o pipefail && sudo grep instance-id /run/cloud-init/instance-data.json | head -1 | sed 's/.*\"i-/i-/g' | sed 's/\",//g\''''
status, instance_id = subprocess.getstatusoutput(cmd)
print(status, instance_id)