Некоторые флаги имеют правильную опцию Cargo, например, -C lto и -C panic=abort могут быть указаны в файле Cargo.toml.
Добавьте флаги в .cargo/config используя один из ключей rustflags=.
Однако в вашем конкретном случае настройки линков вам не нужно использовать флаги компилятора; Вы также можете включать и отключать линты непосредственно в исходном коде, используя атрибуты. На самом деле это может быть лучшим вариантом, так как он более надежный, более целенаправленный и не требует изменения настроек системы сборки:
#![deny(some_lint)] // deny lint in this module and its children
#[allow(another_lint)] // allow lint in this function
fn foo() {
...
}