В IIS 6, что делает IIS Reset?
Пожалуйста, сравните с переработкой пула приложений и остановкой и запуском веб-сайта ASP.NET.
Если вы заменяете DLL или редактируете/заменяете web.config на веб-сайте ASP.NET, это то же самое, что останавливать и запускать этот веб-сайт?