В MySQL нет способа указать механизм хранения для определенной базы данных, только для отдельных таблиц. Однако вы можете указать механизм хранения, который будет использоваться в течение одного сеанса, с помощью:
SET storage_engine=InnoDB;
Поэтому вам не нужно указывать его для каждой таблицы.
Как подтвердить, действительно ли все таблицы используют InnoDB?