NB: В IE 11 есть ошибка: он перемещает <template> под элементом <body> перед визуализацией DOM! Таким образом, атрибут parentNode ошибочен, и вложенность завершится неудачей.
Вы можете увидеть его в инструменте [F12].
Ответ 2
просто добавьте "display: none" в свои шаблоны. Работает, например, 11
Но имейте в виду, что содержимое <template> все еще может быть найдено в DOM и выполняется - именно это и является главной целью тега. Никакой полифилл не может остановить это, IE снова тормозит современную веб-разработку.