Я использую PyCharm с несколькими мониторами в Mac OSX (10.10.5), обычно вы можете перетаскивать окна на отдельный монитор. В PyCharm, который работает, но они (и, в частности, окно Run) возвращаются к основному монитору.
Я видел это только на новейшей версии PyCharm 5 CE, хотя проблема с ее более старыми версиями также возникла. Я искал все настройки и искал в Интернете, но не могу найти параметр, который заставляет окно оставаться там, где оно было размещено.